Waterschap Hollandse Delta streeft naar een basisniveau van de waterkwaliteit in het beheergebied. Dat geldt voor het water in alle sloten, singels en plassen op de Zuid-Hollandse Eilanden.
De kwaliteit van water wordt gemeten aan de hand van twee onderdelen: de chemische en de ecologische toestand van een waterlichaam (water in bijvoorbeeld sloten en plassen). De chemische toestand is het totaal aan chemische stoffen die in het water voor komen. Bij de ecologische toestand gaat het om de waterplanten en waterdieren die in het water leven.
Een deel van de wateren in het verzorgingsgebied is aangemerkt als zogenaamd waterlichaam vanuit de Europese Kaderrichtlijn Water (KRW). Deze wateren moeten uiterlijk in 2027 voldoen aan Europese richtlijnen. Om de waterkwaliteit te verbeteren voeren diverse partijen, waaronder het waterschap, een pakket maatregelen uit.
In 2016 zijn 8 van de in totaal 139 KRW-maatregelen uitgevoerd die voor de periode 2016-2021 bepaald zijn. Zo zijn er bijvoorbeeld langs de Waalboezem en langs de Vliet in Oud-Beijerland natuurvriendelijke oevers aangelegd, is het Aanvoerplan zoet water in Middelharnis afgerond en is in het Oostvoornse Meer het zoutgehalte verhoogd om de waterkwaliteit te verbeteren. De uitgevoerde maatregelen dragen bij aan de waterkwaliteit.
Een onderdeel van de meting van de waterkwaliteit van zowel grond- als oppervlaktewater is de chemische toestand van het water. De chemische toestand wordt bepaald aan de hand van de lijst met zogenaamde prioritaire stoffen die de Europese Unie heeft vastgesteld. De meeste waterlichamen (93%) voldeden in 2016 aan de goede toestand. In slechts 2 waterlichamen komen nog normoverschrijdingen van prioritaire stoffen voor. De afgelopen tijd is ophef ontstaan over de lozingen van afvalwater door chemiebedrijf Chemours in Dordrecht. Het chemiebedrijf heeft hiervoor een vergunning, deze vergunning is in april aangescherpt waarbij de lozing fors verminderd is. Bij de lozing van afvalwater voert Chemours eerst zelf een zuivering uit, waarna het waterschap een tweede zuivering doet in de waterzuivering in Dordrecht. Waterschap Hollandse Delta loost het afvalwater vervolgens in rivier de Beneden-Merwede.